Протокол судебно-медицинской экспертизы складывается из трех объеденных между собой составляющих.  Например, первая составляющая является вводной частью протокола, вторая является исследовательской частью и в третьей содержатся выводы. Первая составляющая протокола судмедэкспертизы должна содержать перечисленные вопросы, в них описывают обстоятельства дела. Необходимо отметить, что, когда решаются данные вопросы и вносят их в протокол, нельзя изменять их нумерацию и последовательность.

Протокол судебно-медицинской экспертизы должен отражать процесс обследования и выявленные при данной экспертизе фактические сведения. Протокол и заключение входят в документ, который оформляет судмедэкспертизу и является актом судебно-медицинской экспертизы. Заключение является выводом, суждением специалистов по поставленным для них вопросам. Протокол — это введение и описательная часть. Во введение указывается дата экспертизы, основание, по которому она проводилась, место, где проводилась экспертиза, фамилия специалиста и присутствующих личностей, указание на предмет экспертизы и обстоятельство дела.

Описательная часть — подробное описание действий специалиста во время проведения экспертизы, то есть процесс ход ее и раскрытые фактические сведения. Описательная часть в протоколе, когда обследуется труп, разделяется на описание внешнего осматривания и внутреннего исследования трупа. Протокол подписывают специалист и присутствующие при экспертизе лица – это следователь и понятые.

Заключение является строго обоснованным и научным выводом из сведений экспертизы, и его подписывает только лишь эксперт. Акт излагают несложным, удобопонятным языком, по возможности не должно быть выправлений, если они имеются, обязательно должна быть оговорка. Когда необходимо применить медицинские термины их переводят или объясняют.

Когда затруднено решение установленных вопросов обследования специалист имеет возможность обратиться к организации или личности, которые назначили судебно-медицинскую экспертизу для того, чтобы получить разъяснения по обстоятельству дела.  Исследовательская часть протокола судмедэкспертизы — специалист в ней отчетливо анализирует все материалы дела, и описывает собственные обследования в протоколе.

Описание обследований должны проводить таким, чтобы в протоколе судмедэкспертизы были выписки из документов, которые приобщены к делу. Еще описание обследования должно отображать  сведения об осмотре места, где обнаружен труп; сведения протоколов иных судебно-медицинских экспертиз, проводимые раньше; характеристики сотрудников медицинских учреждений, которые привлекаются к ответственности и иные сведения, которые позволяют облегчить проведение судмедэкспертизы. Выводы протокола судебно-медицинской экспертизы  — это описание результатов всех выполненных обследований по предоставленным материалам.

Протокол судебно-медицинской экспертизы формулирует сведения, которые получены во время проведения судмедэкспертизы, и они должны быть обоснованы непредубежденных фактах и положениях медицинской науки.

Последовательность порядка выводов обязана быть в соответствии с последовательностью постановления. Но порой для того, чтобы была наибольшая четкость построения решения, в протоколе допускаются изменения в порядке выводов и их группировании. В данных случаях непременно должно быть указано, каким вопросам соответствуют выводы судмедэкспертизы.

В результатах, которые описываются в протоколе судмедэкспертизы, должны быть даны ответы на все вопросы, которые были в постановлении. Когда не имеется возможности принять решение по какому-нибудь вопросу судмедэкспертизой, то это тоже нужно  мотивированно обосновать в выводе протокола.

Для того, чтобы провести судмедэкспертизу и написать протокол привлекают врачей – экспертов, которые имеют высшее медицинское образование, они дают присягу о том, что не будут разглашать результаты судмедэкспертизы.

Осматривание места, где произошло происшествие, проводится за общими правилами, которые указаны в уголовном процессе, которые включают статистическую и динамическую стадию. При статической стадии осмотра фиксируют:

• поза трупа и его элементов по отношению к двум неподвижным предметам — стена, дверь, или по частям света;
• положение трупа;
• верхняя одежда и в какое ее общее состояние;
• постель трупа.

Дальше идет динамическая стадия, в ней отмечают более подробное описание общих сведений о трупе, трупных явлений и установления времени наступления смерти.

Когда осматривается труп обязательно необходимо отметить:

• пол, приблизительный возраст, телосложение – правильное или неправильное,
• полнота — сниженная, удовлетворительная, неплохая или увеличенная,
• цвет кожи — бледный, смуглый, или желтый,
• эластичность кожного покрова  — упругая или морщинистая,
• загрязнение,
• крепость связи с кожным покровом  — без затруднений отделяются или плотно соединены.

В некоторых случаях, когда есть сведения, врач может высказать предварительную точку зрения о положении трупа во время, когда причинено повреждение, виде использованного средства или орудия, механизме образования повреждения, об обстоятельствах смерти и причинах ее наступления.

Протокол судебно-медицинской экспертизы фиксирует присутствие или отсутствие трупных явлений: остывание трупа определяют при помощи пальпации открытых и закрытых элементов трупа, а еще измеряя его температуру в прямой кишке с помощью термометра; симптомы высыхания его:

• осмотр глаз, где можно обнаружить помутнение роговицы;
• осмотр каемки губ, где появляется диффузное уплотнение;
• осмотр ладонь и пальцев, на мужском трупе кожи поверхности мошонки, где появляются пергаментные пятна. Нельзя высыхание принять за жизненное повреждение.